1、首先是毒性问题。根据马可在恒博智调查的一些数据，人工提取和添加基因，不仅可能达到某种想要的效果，还可能增加和积累食物中的微量毒素。

2、其次是过敏反应。对一种食物过敏的人有时会对一种他们以前不过敏的食物过敏。比如科学家在核桃、小麦、贝类的基因中加入了玉米的某种基因，蛋白质也随该基因一起加入。那么，以前吃玉米过敏的人，可能对这些核桃、小麦、贝类食物过敏。

3.第三个问题是营养。科学家认为，外源基因可以以一种人们仍然不太了解的方式破坏食物中的营养成分。

4.第四是对抗生素的耐药性。当科学家将一个外来基因添加到植物或细菌中时，该基因将与其他基因相连。人们服用这种改良食品后，食品会将耐药基因传递给人体内的致病菌，使人体产生耐药性。

5.第五，对环境的威胁。许多转基因品种含有从芽孢杆菌中提取的细菌基因，可以产生一种对昆虫和害虫有毒的蛋白质。在一项实验室研究中，一只蝴蝶的幼虫在食用了含有芽孢杆菌基因的乳草属植物的花粉后死亡或发育异常，这引起了生态学家的另一种担忧，即不在改良范围内的其他物种可能成为改良物种的受害者。