同种免疫和自身免疫的主要区别在于目标物不同，同种免疫是指对同种生物体或者同种物质产生免疫反应，而自身免疫是指对自身组织或者自身分子产生免疫反应。

1. 目标物不同：

同种免疫的目标物可以是同种生物体的细胞、组织、器官等，也可以是同种物质，如同种病毒、细菌等。

自身免疫的目标物是自身组织或者自身分子，即免疫系统错误地将自身组织或分子认定为外来物质而产生免疫反应。

2. 免疫反应的机制不同：

同种免疫的机制包括体液免疫和细胞免疫，体液免疫主要通过产生抗体来中和或清除入侵的病原体，细胞免疫则通过T细胞等免疫细胞的活化和杀伤来清除病原体。

自身免疫的机制包括自身抗体和自身免疫细胞的异常活化，它们攻击自身组织或分子，导致自身免疫性疾病的发生。

3. 调控机制不同：

同种免疫的调控机制包括免疫记忆和免疫耐受，免疫记忆使得免疫系统能够迅速而有效地应对再次感染，免疫耐受则保证免疫系统不对自身组织或分子产生过度的免疫反应。

自身免疫的调控机制失调，导致免疫系统无法区分自身和外来物质，从而攻击自身组织或分子。

需要注意的是，同种免疫和自身免疫是两种不同的免疫反应。同种免疫是免疫系统对外来物质的防御机制，而自身免疫是免疫系统错误地攻击自身组织或分子的异常免疫反应。自身免疫性疾病是因为自身免疫的失调而导致的，对于治疗和预防自身免疫性疾病，需要重点研究和调控自身免疫的机制。