肛门感染真菌一般是由病毒感染、免疫系统受损等原因引起的，可采用局部抗真菌药物治疗、口服抗真菌药物治疗以及保持局部清洁卫生等方式进行治疗，详情如下：

1. 局部抗真菌药物治疗：适用于轻度肛门感染真菌的患者。可选用外用抗真菌药膏或者洗液，如克霉唑、酮康唑等。这些药物可以直接作用于感染部位，抑制真菌生长，减轻症状，并促进愈合。

2. 口服抗真菌药物治疗：适用于较严重的肛门感染真菌患者。口服抗真菌药物可以通过血液循环作用于全身，对肛门感染真菌进行全面治疗。常用的药物包括伊曲康唑、氟康唑等，需在医生指导下使用，严格按照药物说明书的用法和用量进行服用。

3. 保持局部清洁卫生：除了药物治疗外，保持肛门区域的清洁卫生也是非常重要的。患者需要每天用温水或者温盐水清洗肛门区域，保持干燥，并避免过度摩擦和刺激。同时，要避免穿紧身裤和湿度过高的环境，以减少真菌滋生的机会。

除以上相对常见的治疗方式外，还有其他的治疗方式，比如光疗、手术治疗等。光疗适用于顽固性真菌感染，通过照射特定波长的光线来杀灭真菌。手术治疗适用于严重病例，如感染扩散至周围组织或出现肛门瘘等并发症时，需要通过手术切除感染部分或修复损伤组织。这些治疗方式需要在医生的专业指导下进行，并根据具体情况进行选择和应用。