两江总督的辖区虽然涵盖江苏巡抚的辖区,但是二者却不是真正意义上的上下级关系。出于地方权力制衡、避免一家独大的需要,清王朝的统治阶层在设置两江总督与江苏巡抚之时便留了后手。虽然辖区重叠,但是江苏巡抚却不受两江总督管辖,二者都是直接对皇帝负责的。换言之,虽然两江总督的辖区、级别都要高于江苏巡抚,却不是江苏巡抚的直接上级,江苏巡抚的直接上级是皇帝。
从品级上来看,总督确实是比巡抚厉害。但是俗话说得好“县官不如现管”,所谓的挂职头衔都是虚的,关键时刻要看的还得是实权。两江总督定居在南京,能够管理江苏、安徽、江西三个省的绿营军。是除了江宁将军以外东南地区最高长官。
在两江总督和江苏巡抚发生矛盾时,朝廷还会故意偏袒江苏巡抚。也正因为朝廷对两江总督的种种制约,这才让江苏巡抚的地位,开始超过两江总督,这也导致后来两江总督时常斗不过江苏巡抚的现象。