泮托拉唑和奥美拉唑是两种常用的抗酸药物，二者的主要区别在于作用机制和适应症有所不同。

1. 作用机制不同：

泮托拉唑是质子泵抑制剂，它能够抑制胃酸的分泌，从而起到抗酸的作用，适用于治疗消化性溃疡、反流性食管炎等病症；

奥美拉唑属于抗组胺药物，能够阻断胃黏膜上组胺H2受体，减少胃酸的分泌，适用于治疗胃溃疡、食道炎等病症。

2. 用法用量不同：

泮托拉唑一般每天一次口服，一般治疗消化性溃疡和食道炎的剂量为20mg，治疗胃食管反流病的剂量为40mg。奥美拉唑一般每天一次口服，每次剂量20mg。

3. 不良反应有所差异：

泮托拉唑的常见不良反应包括头痛、腹泻、恶心等，少数患者可能会出现皮疹、嗜睡等不良反应；奥美拉唑的常见不良反应包括头痛、腹泻、恶心等，较少见胃肠道症状、肝功能异常等不良反应。

需要注意的是，虽然泮托拉唑和奥美拉唑作用机制和适应症有所不同，但二者均为处方药物，在服用过程中需按照医生的建议进行，遵循用法用量，特别是对于有过敏史或存在肝、肾、心脏等疾病的患者，应在医生指导下使用。同时，泮托拉唑和奥美拉唑都不能长期滥用，长期服用容易导致胃肠道症状加重，影响身体健康。