新疆土地面积最大，但高等教育不发达。新疆有20所本科院校，其中公立16所。

第一层次

这三所大学都是211大学。

中国尤氏大学克拉玛依校区严格意义上来说并不是新疆的一所大学。中国有两所尤氏大学，一所在山东，另一所在北京。北京分两个校区，克拉玛依校区于2015年揭牌。克拉玛依油田是中国西部最大的油田，克拉玛依市是中国西部最重要的石化基地，需要大量的相关人才。新疆高等教育与内地相比，差距很大。中国尤氏大学(北京)可以在克拉玛依设立校区，可以很快满足各方需求。近年来，中国尤氏大学克拉玛依校区的录取分数线也逐年上升，越来越受学生欢迎。

新疆大学应该算是新疆第一所大学。1960年在乌鲁木齐成立。1978年成为新疆唯一的全国重点大学，16所综合性重点大学之一。2000年，新疆大学和新疆工学院合并。在2017年的双一流工程中，也入选了一流大学的B类，说明国家对新疆大学的重视，但是第二轮双一流工程稀释了B类，新疆大学的王牌学科有：中国少数民族语言文学、数学、经济学、环境、马克思主义哲学、化学、计算机等。

石河子大学位于石河子市，是新疆建设兵团的第一所高等学府。石河子以前是新疆建设兵团司令部，现在新疆建设兵团司令部迁到了乌鲁木齐。石河子大学于1996年由石河子医学院、石河子农学院、兵团师范学院和兵团经济学院合并而成。

相比石河子大学，新疆大学没有农学和医学，而石河子大学有农学和医学，所以有些外省市的人去石河子大学学医，觉得价格不错。其实石河子大学的农业也很不错。新疆地域辽阔，资源丰富，气候特殊，是中国非常重要的农业基地。石河子大学的王牌专业有：化学工程、农学、农林经济管理、农业机械、动物医学、临床医学等学科。

新疆大学对口援建的牵头人是清华，石河子大学对口援建的牵头人是北京大学。希望这两所大学以后发展的越来越好。

第二层次

新疆医科大学的前身之一是新疆医学院，是一五计划156个重点项目之一。学校创建于1954年，1998年与新疆中医学院合并组建新疆医科大学。目前，新疆医科大学拥有5个一流博士点，王牌专业为：临床医学、药学、公共卫生与预防医学、基础医学、中西医结合。

新疆师范大学是改革开放后建设的第一批高校。创建于1978年，前身是乌鲁木齐第一师范学校和新疆教师进修部。但是新疆师范大学发展很快。1993年开始招收硕士生，现已有6个一级博士点。其马克思主义学院是全国重点马克思主义学院，其他王牌专业有：维吾尔语、美术、教育、体育。

新疆农业大学的前身是八一农垦大学，由王镇将军于1952年创建，1995年更名为新疆农业大学。新疆农业大学有个林场，占地15万亩，不算小，但比不上全国最大的高校东北林业大学的48万亩。新疆农业大学有八个一级学科博士点：水利工程、农业工程、作物科学

新疆财经大学的前身是新疆省人民政府干部培训班；1959年，升格为新疆财经学院。2000年，新疆财经学院、新疆经济管理干部学院、新疆财税学校合并，2007年升格为新疆金融学院。新疆财经大学1998年授予硕士学位，现设有应用经济学博士点。

第三层次

塔里木大学的前身可以追溯到1958年。它是由王镇将军创建的。它的原名是塔里木农业大学。王镇将军生前是名誉总统。2004年更名为塔里木大学。从历史可以看出，农学是学校的特色和王牌。

喀什大学创建于1962年，是自治区最早的五所学校之一。当时是喀什师范学院。1978年升格为本科院校。2015年更名为喀什大学。2003年被授予硕士学位。目前一级学科硕士点5个，王牌学科为：教育学、中国语言文学、化学。

伊犁师范学院的前身是1948年成立的新疆伊犁学院。1980年升格为本科院校，更名为伊犁师范学院。2018年，再次更名为伊犁师范学院。目前，伊犁师范学院有八个一流的硕士专业学位点，包括：教育学、数学、物理、化学、生物、汉语言文学、思想政治教育、法学。

第四层次

新疆工学院的前身是新疆煤矿学校，创建于1958年，201。

昌吉学院的前身是成立于1959年的昌吉师范学校，2001年升格为本科院校，改名为昌吉学院。昌吉学院比较好的专业有：教育学、材料、数学、能源与动力、计算机等。

新疆理工学院在阿克苏，前身是新疆大学科学技术学院，在2019年转设为公办大学，比较好的专业有：通信工程、机械、计算机、物流工程、过程装备等。

新疆科技学院在库尔勒，前身是新疆财经大学商务学院，2019年转设为公办大学，比较好的专业是：会计学、金融学、财务管理、人力资源管理。

新疆第二医学院在克拉玛依市，前身是新疆医科大学厚博学院，在2021年转设为公办大学。