地理位置、建站规模、运营路线的差异。
地域差异:温州站位于温州市鹿城区温州大道。是浙江金温铁路发展有限公司直属的金温铁路一级客运站.温州南站位于浙江省温州市瓯海区瓯海大道。是中国铁路上海局集团有限公司宁波车辆段所属的一级客运站。
车站规模的差异:温州火车站占地15万平方米,主体建筑占地3.6万平方米,有近6.5万平方米的站前广场。温州南站总用地面积190368平方米,其中站房建筑面积71209平方米,第一候车室面积11000平方米,第二候车室面积约4200平方米(2016年5月数据)。温州南站有天桥和隧道,其中天桥宽15米,采用透明玻璃墙和天花板。雨棚采用无柱雨棚。
运营线路的区别温州站:自1998年6月开通以来,温州至成都东站、哈尔滨、北京、广州、汉口、贵阳站、南昌、南京站、阜阳、镇江、亳州、上海、杭州、金华等地每日开行16对列车。2016年5月16日起,温州火车站新开温州至青岛快速旅客列车1对。温州南站:截至2018年12月,温州南站站台规模为4套10线,通过线路为甬台温铁路、文赋铁路、金温铁路。