地理位置、建站规模、运营路线的差异。

地域差异：温州站位于温州市鹿城区温州大道。是浙江金温铁路发展有限公司直属的金温铁路一级客运站.温州南站位于浙江省温州市瓯海区瓯海大道。是中国铁路上海局集团有限公司宁波车辆段所属的一级客运站。

车站规模的差异：温州火车站占地15万平方米，主体建筑占地3.6万平方米，有近6.5万平方米的站前广场。温州南站总用地面积190368平方米，其中站房建筑面积71209平方米，第一候车室面积11000平方米，第二候车室面积约4200平方米(2016年5月数据)。温州南站有天桥和隧道，其中天桥宽15米，采用透明玻璃墙和天花板。雨棚采用无柱雨棚。

运营线路的区别温州站：自1998年6月开通以来，温州至成都东站、哈尔滨、北京、广州、汉口、贵阳站、南昌、南京站、阜阳、镇江、亳州、上海、杭州、金华等地每日开行16对列车。2016年5月16日起，温州火车站新开温州至青岛快速旅客列车1对。温州南站：截至2018年12月，温州南站站台规模为4套10线，通过线路为甬台温铁路、文赋铁路、金温铁路。