头部核磁与头部CT的区别在于技术原理及所应用的场景不同。

头部核磁（MRI）是利用人体中的带有自旋的核在强磁场和特定的高频射频场下，发生共振现象发出信号，依据信号的强度和分布来成像的一种医疗检查技术。而头部CT则是通过X射线穿过身体，经过不同程度的吸收和散射得到图像的一种影像学检查技术。

MRI相对于CT有些场景更有优势，例如对于神经、骨、软组织等不同组织结构的图像辨析更佳；对于轮廓较为复杂的器官、特别是血管的成像更加准确。 MRI另一个优点是通过不同的调节参数，可以得出神经系统的软组织、脑灰质/白质、有无肿瘤等高分辨率病理医学图像。

而CT则对于头部骨骼造影表现最佳，对于头颅钙化及出血的检异常诊较为准确，在紧急诊断和病灶定位方面也有很大的优势，同时在体积重建及3D重建方面也有一定优势。

需要注意的是，MRI扫描需要较长的扫描时间，适应性差且对于身体内部有金属或植入物的患者基本上不能作MRI检查。而CT因涉及放射线，剂量约为普通X线的10倍左右，对于易感辐射的患者需要谨慎使用。在具体使用上需要医生根据患者体质、病情、需求等情况选择合适的检查方法。