先天性甲状腺功能不全可能是由甲状腺发育不良、甲状腺激素合成酶缺陷和先天性甲状腺素抵抗等原因引起的，详情如下：

1.甲状腺发育不良：甲状腺发育不良是指胎儿期甲状腺的形态和结构异常或缺陷，导致甲状腺激素合成和分泌不足。这种情况下，婴儿出生后甲状腺功能即出现缺陷，因此被称为先天性甲状腺功能不全。甲状腺发育不良可分为原发性和继发性两种，原发性指甲状腺本身的发育缺陷，继发性指由于下丘脑-垂体-甲状腺轴功能异常导致的甲状腺功能不全。

2.甲状腺激素合成酶缺陷：甲状腺激素合成酶缺陷是指甲状腺激素合成过程中某些关键酶的缺陷，导致甲状腺激素合成不足。这种情况下，甲状腺结构和大小正常，但是激素合成能力降低。不同的酶缺陷会导致不同的症状，比如碘缺乏病、甲状腺素结合球蛋白缺乏症等。

3.先天性甲状腺素抵抗：先天性甲状腺素抵抗是一种罕见的遗传性疾病，由于甲状腺素受体的缺陷导致甲状腺素不能正常作用。这种情况下，甲状腺激素水平正常或高于正常范围，但是机体对甲状腺激素的反应降低，导致症状类似于甲状腺功能不足。

除了以上几种原因，还有其他罕见的遗传性疾病可能导致先天性甲状腺功能不全，比如TSH受体异常等。此外，一些药物和环境因素也可能对胎儿甲状腺发育造成影响，导致先天性甲状腺功能不全。