不能深度睡眠的原因可能是由睡眠呼吸暂停综合症、睡眠障碍、抑郁症等原因引起的，详情如下：

1. 睡眠呼吸暂停综合症：此症状常由于由于反复发生的气道梗阻及呼吸暂停，导致睡眠质量下降。在熟睡时，患者可能发出喘鸣声或打鼾声，使睡眠本身就受到了干扰。此外，呼吸暂停可引起血氧饱和度的下降，进而诱发一系列的心血管疾病，更加影响深度睡眠。

2. 睡眠障碍：睡眠障碍可能涉及多个因素，常见原因之一是一些过度紧张、焦虑、担忧和心理上的压力。此外，长期的疼痛、药物或饮用咖啡因等也可能影响睡眠，使深度睡眠受到干扰。

3. 抑郁症：抑郁症患者常常出现睡眠障碍。睡眠障碍可导致睡眠质量差，难以入睡、浅睡或不能睡眠，这种睡眠可能会导致更多的心理压力，从而进一步加重抑郁症状，形成恶性循环。抑郁症患者如果无法保证充足的深度睡眠，可能则需要进一步治疗抑郁症。

除以上相对常见的原因之外，还有其他可能的原因，比如嗜睡、帕金森病、脑损伤等，其中帕金森病因神经元凋亡引起，会影响夜间的肌肉控制和睡眠质量；而脑损伤如脑部外伤或脑卒中会影响睡眠的健康，甚至进一步危害大脑功能，造成严重的后遗症。