怀孕初期有褐色分泌物可能是由宫颈糜烂、胚胎停止发育和着床性出血等原因引起的，详情如下：

1.宫颈糜烂：宫颈糜烂是一种常见的妇科疾病，其主要症状之一就是白带增多和异常出血。如果患者在怀孕初期出现了宫颈糜烂，很可能会出现褐色分泌物。这是因为子宫颈部位受到刺激后分泌物中的血液变成了褐色，从而导致分泌物颜色异常。

2.胚胎停止发育：胚胎停止发育是指在怀孕早期胚胎停止在子宫内的生长发育。这种情况往往会引起出血或褐色分泌物。这是因为停胚时卵泡囊上产生的白带细胞会分解并排出体外，从而导致出现褐色的分泌物。

3.着床性出血：着床性出血是指受精卵在子宫内着床后，由于受到刺激而引起的子宫内膜轻度出血。这种情况很常见，大约有1/3的孕妇会有此现象。着床性出血的表现为褐色的分泌物，且通常只持续几天，不会引起子宫收缩和宫外孕等问题。

除以上相对常见的原因之外，还有其他可能的原因。比如，宫腔内其他异常如子宫内膜息肉、子宫内膜炎等也可能引起褐色分泌物。因此，建议怀孕初期出现褐色分泌物的孕妇及时就医。