小便完肾疼可能是由尿路感染、肾结石、肾盂肾炎等原因引起的，详情如下：

1. 尿路感染：尿路感染是一种常见的疾病，其中包括膀胱炎、尿道炎和肾盂肾炎等。其中膀胱炎和尿道炎的主要症状是尿频、尿急、尿痛等，而肾盂肾炎则会出现肾区疼痛、发热、寒战、恶心、呕吐等症状。如果小便完之后出现肾疼，且伴有尿频、尿急、尿痛等症状，那么很可能是由尿路感染引起的。

2. 肾结石：肾结石是肾脏中的矿物质结晶体，常见于30-50岁的男性。肾结石的主要症状是腰部或肚子疼痛，有时候疼痛会放射到腹股沟或大腿内侧。此外，患者还可能出现尿频、尿急、尿痛、血尿等症状。如果小便完之后出现肾疼，且伴有以上症状，那么很可能是由肾结石引起的。

3. 肾盂肾炎：肾盂肾炎是一种肾脏感染性疾病，常见于女性。肾盂肾炎的主要症状包括肾区疼痛、发热、寒战、恶心、呕吐等。此外，患者还可能出现尿频、尿急、尿痛、血尿等症状。如果小便完之后出现肾疼，且伴有以上症状，那么很可能是由肾盂肾炎引起的。

除以上相对常见的原因之外，还有其他可能的原因，比如泌尿系肿瘤、肾结核等。如果症状持续或加重，建议及时就医。