喝咖啡小便有咖啡味可能是由以下几种疾病引起的：肾结石、泌尿系感染和慢性肾衰竭。

1. 肾结石：肾结石是由于尿液中某些物质的沉积形成的硬块。这些物质可以包括尿酸、草酸、钙等。当肾结石过大或位置不佳时，会导致尿液排出不畅，进而引起尿路感染和出血。此时喝咖啡会使尿液中的咖啡因等物质增加，因此小便会出现咖啡味。

2. 泌尿系感染：泌尿系感染是指病原体侵入泌尿系统引起的感染。常见的病原体包括大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等。感染会导致泌尿系统的炎症和溃疡，进而引起出血和异味。喝咖啡会使尿液中的咖啡因等物质增加，因此小便会出现咖啡味。

3. 慢性肾衰竭：慢性肾衰竭是指肾功能逐渐丧失，最终导致尿液中毒素和废物无法排出体外的病症。患者的尿液中会积累大量的废物和毒素，导致异味。喝咖啡会使尿液中的咖啡因等物质增加，因此小便会出现咖啡味。

除以上相对常见的原因之外，也有可能是由于其他疾病或饮食原因引起的。例如，某些药物也会使小便产生异味，而食用大量含有咖啡因的食物或饮料也可能导致类似的症状。如果出现此类症状，应及时就医并寻求专业医生的建议。