来月经腰的两侧疼可能是由以下原因引起的，详情如下：

1. 卵巢囊肿：卵巢囊肿是一种由于卵巢发生异常增生而形成的囊状物，其主要症状之一就是腰部疼痛。这种疾病通常会伴随着月经周期的变化而出现不同程度的疼痛。卵巢囊肿的疼痛通常是因为囊肿压迫周围的神经和器官，导致不适感和疼痛。较小的囊肿可能不会引起任何症状，但是较大的囊肿可能会导致月经不规律、腹部胀痛等症状。

2. 子宫内膜异位症：子宫内膜异位症是一种常见的妇科疾病，其特点是子宫内膜异位到了子宫外的其他部位，导致组织在月经期间出现异常的生长和脱落，引起疼痛等症状。在此病的发生过程中，子宫内膜会移动到盆腔内的其他部位，如卵巢、输卵管、直肠等处，这些异位的组织也会在月经期间受到激素的作用而出现异常的生长和脱落，导致疼痛等症状。

3. 盆腔炎：盆腔炎是一种常见的妇科疾病，主要是由细菌感染引起的。此病会导致盆腔内的疼痛，而腰部疼痛是其中的一种表现。盆腔炎的症状通常包括下腹部疼痛、发热、性交疼痛等。盆腔炎的疼痛通常是由于炎症刺激周围的神经和组织而引起的。

除以上相对常见的原因之外，还有其他可能的原因，比如肾结石、脊柱疾病等。如果疼痛持续不断或者伴随其他症状，建议及时就医并接受专业的检查和治疗。