月经来了肚子痛腰也疼是由多种原因引起的，可能是由子宫内膜异位症、月经痛、子宫肌瘤等原因引起的，详情如下：

1. 子宫内膜异位症：子宫内膜异位症是指子宫内膜在子宫以外的部位生长，常见于子宫附件、腹膜、肠壁等处。月经期间，这些异位的内膜组织也会受到周期性的影响，导致出血和疼痛。因此，月经期间出现肚子痛、腰疼等症状，就有可能是子宫内膜异位症所致。

2. 月经痛：月经痛是指在月经来潮期间，出现的下腹部或腰部疼痛。这种疼痛通常是由子宫收缩引起的，而这些收缩可以促进子宫内膜的脱落和排出。因此，月经来了之后出现肚子痛、腰疼等症状，就很有可能是月经痛所致。

3. 子宫肌瘤：子宫肌瘤是一种常见的女性生殖系统肿瘤，通常生长在子宫壁上。在月经期间，子宫肌瘤也会受到周期性的影响，导致肌肉组织的收缩和疼痛。因此，月经期间出现肚子痛、腰疼等症状，也有可能是子宫肌瘤所致。

除了上述原因之外，月经来了肚子痛腰也疼还可能是由子宫内膜脱垂、卵巢囊肿、盆腔炎症等原因引起的。如果疼痛严重或者持续时间过长，建议及时就医。