怀孕三周多有褐色分泌物可能是由宫外孕、流产或子宫颈糜烂等原因引起的，详情如下：

1. 宫外孕：宫外孕指受精卵在子宫外着床，常见症状为腹痛、阴道出血，部分患者还会出现褐色分泌物。宫外孕的主要原因是输卵管因各种原因造成的堵塞或异常，导致受精卵不能正常进入子宫腔。当受精卵在输卵管内发育到一定程度时，输卵管会破裂，导致严重的腹腔出血。

2. 流产：流产是指妊娠20周以前发生的胎儿死亡或胎儿体重不足500克，伴随着胎儿和胎盘的排出。褐色分泌物是流产早期的常见症状之一，通常伴随着腹痛和阴道出血。流产的主要原因是胚胎染色体异常、母体感染、子宫畸形等。

3. 子宫颈糜烂：子宫颈糜烂是指子宫颈上皮细胞向外脱落，暴露了红色的宫颈下方的柱状上皮，常见症状为白带增多、腰酸腹痛、性交出血等。褐色分泌物是子宫颈糜烂的常见症状之一，主要是由于颈管炎症刺激引起的。

除以上相对常见的原因之外，还有其他可能的原因，比如感染性阴道炎、子宫内膜异位症等，需要进行进一步检查明确诊断。建议及时就医，由专业医生进行诊断和治疗。