怀孕三个月肚子右侧疼可能是由子宫肌瘤、盆腔炎症或宫外孕等原因引起的，详情如下：

1. 子宫肌瘤：子宫肌瘤是女性生殖器官最常见的良性肿瘤之一，也是导致孕妇肚子疼痛的常见原因之一。由于子宫肌瘤的位置、大小和数量不同，疼痛的表现也会有所不同。例如，如果子宫肌瘤位于子宫的右侧，可能会引起肚子右侧疼痛的感觉。此外，子宫肌瘤还可能导致月经不规律、经血量增多等症状。

2. 盆腔炎症：盆腔炎症是由细菌感染引起的盆腔器官的炎症，包括子宫、输卵管、卵巢等。盆腔炎症的常见症状包括下腹部疼痛、发热、白带异常等。如果盆腔炎症病变部位在右侧，可能会引起肚子右侧疼痛的感觉。

3. 宫外孕：宫外孕是指受精卵在子宫外着床生长，常见于输卵管。宫外孕的症状包括下腹部疼痛、阴道流血、晕厥等。如果宫外孕发生在右侧输卵管，可能会引起肚子右侧疼痛的感觉。

除以上相对常见的原因之外，还有其他可能的原因，比如肝脏、胆囊等内脏疾病，需要结合具体情况进行诊断。此外，如果孕妇肚子疼痛伴随有阴道流血、发热、呕吐等症状，应及时就医。