怀孕三个月肚子疼出血可能是由宫外孕、流产、子宫肌瘤等原因引起的，详情如下：

1. 宫外孕：宫外孕是指受精卵在子宫外部着床发育，大多数情况下是在输卵管内发生的。当受精卵在输卵管内长大到一定程度时，会对输卵管壁产生压力，引起疼痛和出血。此外，宫外孕还可能出现恶心、呕吐、头晕等症状。如果不及时处理，宫外孕可能导致输卵管破裂，出现严重的内出血和休克。

2. 流产：怀孕初期出现肚子疼痛和出血，很可能是因为流产。流产是指怀孕期间胚胎或胎儿死亡并从子宫内被排出的过程。怀孕初期流产的原因很多，可能是胚胎染色体异常、母体内分泌失调等。流产的症状包括腹痛、出血、流产物排出等。如果流产不完全，还可能引起感染等并发症。

3. 子宫肌瘤：子宫肌瘤是一种常见的妇科疾病，是指子宫内肌层的肿瘤。子宫肌瘤的症状包括月经不规律、经期延长、腹痛、腰痛等。在怀孕期间，子宫肌瘤可能会引起肚子疼痛和出血，甚至导致流产。

除以上相对常见的原因之外，还有其他可能的原因，比如胎盘早剥、子宫内膜异位症等。如果出现怀孕期间肚子疼痛和出血的情况，应及时就医，了解病因并采取相应的治疗措施。