新生儿牛奶蛋白过敏可能是由几种原因引起的，包括先天免疫缺陷病、婴儿肠易激综合症、新生儿食物性过敏，详情如下：

1. 先天免疫缺陷病：新生儿牛奶蛋白过敏可能是由先天免疫缺陷病引起的。因为免疫系统缺陷，新生儿可能会对牛奶蛋白等食物过敏，出现呼吸急促、皮疹、腹泻等症状。这种情况需要及早诊断和治疗。

2. 婴儿肠易激综合症：婴儿肠易激综合症也可能导致新生儿牛奶蛋白过敏。这是一种肠道功能紊乱的疾病，可能会导致肠道黏膜对牛奶蛋白等食物过敏，引起腹泻、呕吐、肠绞痛等症状。治疗方法包括调整饮食和药物治疗等。

3. 新生儿食物性过敏：新生儿牛奶蛋白过敏也可能是由食物性过敏引起的。婴儿的免疫系统尚未完全发育，容易对一些食物过敏，牛奶蛋白等食物就是常见的过敏原。出现呼吸急促、皮疹、腹泻等症状时，需要及时就医。

除以上相对常见的原因之外，还有其他可能的原因，比如婴儿肠道菌群紊乱、新生儿肠道发育不良等，需要根据具体情况进行诊断和治疗。同时，新生儿蛋白过敏也可能是由其他因素引起的，需要在专业医生指导下进行诊断和治疗。