三个月婴儿大便酸臭味可能是由消化系统感染、过敏反应或者消化不良等原因引起的，详情如下：

1. 消化系统感染：婴儿的消化系统比较脆弱，容易感染细菌、病毒等微生物，导致消化不良、腹泻等症状，大便酸臭味也是其中之一。常见的病原体包括轮状病毒、大肠杆菌等。感染后，婴儿可能会出现发热、腹泻、呕吐等症状。

2. 过敏反应：婴儿可能对某些食物或者环境过敏，导致消化系统不适，大便酸臭味也是其中之一。常见的过敏原包括牛奶、鸡蛋、花生等食物，以及宠物毛发、花粉等环境因素。过敏反应会导致婴儿出现腹泻、皮疹、呼吸急促等症状。

3. 消化不良：婴儿的消化系统尚未完全成熟，可能会出现消化不良的情况，大便酸臭味也是其中之一。消化不良常见的原因包括婴儿喂养不当、吃得太多或者太少、消化道解剖结构异常等。消化不良会导致婴儿出现腹胀、排便不畅等症状。

除以上相对常见的原因之外，还有其他可能的原因，比如婴儿肠道菌群失调、胆汁淤积等。如果家长发现宝宝的大便有异常的气味或者颜色，应该及时去医院就诊，排除疾病的可能性。