婴儿不能自主排便可能是由肛门直肠先天性畸形、胆汁反流性胃肠炎或神经系统发育不良等原因引起的，详情如下：

1.肛门直肠先天性畸形：肛门直肠先天性畸形是指肛门和直肠的发育异常，常见的表现是婴儿不能自主排便，需要手动排便或使用灌肠器。此外，婴儿可能还会出现腹胀、呕吐、便秘等症状。肛门直肠先天性畸形的原因可能是基因突变或胚胎发育异常。

2.胆汁反流性胃肠炎：胆汁反流性胃肠炎是指胆汁反流到胃肠道中引起的炎症。婴儿因为消化系统尚未发育完全，胆汁反流的可能性较高。胆汁反流性胃肠炎的症状包括婴儿不能自主排便、腹胀、呕吐、食欲不振等。这种疾病的原因可能是消化道括约肌功能障碍或消化道结构异常。

3.神经系统发育不良：神经系统发育不良是指神经系统的发育异常，会影响到肠道的功能。婴儿可能因为神经系统发育不良而导致肠道蠕动减缓，从而不能自主排便。此外，婴儿可能还会出现食欲不振、腹痛等症状。神经系统发育不良的原因可能是基因突变、胎儿期感染或药物引起的。

除以上相对常见的原因之外，还有其他可能的原因，比如肠道梗阻、代谢性疾病等。如果婴儿不能自主排便，应及时就医，进行相关检查和治疗。