咳深黄色痰可能是由多种疾病引起的，常见的有支气管炎、肺炎和慢性阻塞性肺疾病，详情如下：

1. 支气管炎：支气管炎是由病毒或细菌感染引起的呼吸道疾病。病人常常会出现咳嗽、咳痰等症状，痰液呈深黄色，有时会带有血丝。这是由于病原体感染引起的支气管炎导致呼吸道黏膜受损，使得痰液中含有细胞碎片和红细胞。

2. 肺炎：肺炎是由细菌、病毒或真菌感染引起的肺部疾病。病人常常会出现发热、咳嗽、呼吸急促等症状，痰液呈深黄色或绿色，有时会带有脓血。这是由于肺部感染引起的炎症反应导致肺泡内的痰液中含有细胞碎片、脓性分泌物和红细胞。

3. 慢性阻塞性肺疾病：慢性阻塞性肺疾病是由吸烟等因素引起的肺部疾病。病人常常会出现咳嗽、咳痰等症状，痰液呈深黄色或绿色。这是由于长期吸烟引起的支气管和肺部损伤，导致呼吸道黏膜分泌物增多和炎症反应，使得痰液中含有细胞碎片、黏液和红细胞。

除以上相对常见的原因之外，还有其他可能的原因，比如结核病、肺癌等。因此，如果出现咳深黄色痰等症状，应及时就医，进行进一步检查和治疗。