1.工程措施。包括挖底泥、水体深层曝气、用水稀释、在底泥表面铺塑料等。挖掘沉积物可以减少甚至消除潜在的内部污染源；深层曝气可以通过定期或不定期在湖底进行人工深层曝气来补充氧气，使水-沉积物界面没有厌氧层，始终保持好氧状态，有利于抑制沉积物中磷的释放。此外，在条件允许的情况下，可以向湖泊中注入低浓度磷和氮的水，这样可以稀释营养物的浓度。

2.生物措施。利用水生生物吸收利用氮磷元素进行代谢活动，去除水中氮磷营养物质的方法。一些国家开始试验大型水生植物污水处理系统来净化富营养化水体。大型植物包括凤眼莲、芦苇、香蒲、海罗、多裂马尾藻、发菜等。可以根据不同的气候条件和污染物的性质，适当选择和种植。水生植物净水的特点是以大型水生植物为主体，植物与根区微生物共生，产生协同效应，净化污水。植物通过直接吸收、微生物转化、物理吸附和沉淀，可以去除氮、磷和悬浮颗粒，也可以降解重金属分子。一般来说，水生植物生长很快。收获后，它们可以用作燃料、饲料或发酵产生沼气。这是国内外治理湖泊富营养化的重要措施。

3.化学方法。这种方法包括混凝沉淀和化学药剂灭藻。比如能有效从水溶液中沉淀磷的阳离子有很多种，其中最有价值的是相对廉价的铁、铝、钙，它们能与磷酸盐形成不溶的沉淀物而沉淀下来。