蝙蝠骨骼轻，颅骨愈合程度高，肩带发达，胸骨呈龙骨状。后肢胫骨和腓骨变性。耳壳发达，常有发达的耳屏或耳屏。在膜、耳朵、嘴唇等部位有丰富的感觉毛。各种颜色，多为棕色、灰色和黑色。

蝙蝠前肢比较特化，尤其是骨骼变化很大。肱骨明显短于桡骨(前臂骨)，尺骨退化；除了第一根手指末端有爪外，其余的掌骨和指骨都是特别延长的，每根掌骨和指骨之间都有一层皮膜，一直与后肢和尾部相连。连接手指的皮肤膜称为翼膜，前肢肱骨和后肢之间的皮肤膜称为侧膜，前肢肱骨和前臂骨前方的皮肤膜称为翼前膜，连接左右后肢和尾部的大腿膜称为股膜。转子间膜常与其膜缘隔开，起支撑转子间膜的作用，转子间膜的外膜称为转子间膜。后腿短，大腿与身体成直角，在同一平面。外侧膜常止于胫骨下部、足跟或趾底。后肢的脚完全在皮膜之外，五个脚趾都有钩住的爪子。

蝙蝠牙冠与原始牙形相比，缺少第一对门牙和第一对门牙白牙。门牙较弱，犬齿发达，基牙常有较厚的基嵴。前磨牙已经分化，最后一颗前磨牙明显变大，其牙尖达到犬齿牙尖的高度，磨牙牙冠呈& quotW & quot形状。

雄蝙蝠阴茎突出，但一般无阴囊，睾丸留在腹腔或会阴。女性有一个二分子宫或双子宫，在生殖过程中形成盘状胎盘。胸部有一对乳头。耳壳发达，常有发达的耳屏或耳屏。在膜、耳朵、嘴唇等部位有丰富的感觉毛。