细菌结膜炎和病毒结膜炎的主要区别在于病因不同，前者由细菌感染引起，后者由病毒感染引起。

1. 病因：细菌结膜炎是由细菌感染引起的眼部疾病，常见的细菌有葡萄球菌、链球菌等；而病毒结膜炎则是由病毒感染引起的，常见的病毒有腺病毒、流感病毒等。

2. 症状：细菌结膜炎的症状包括眼部红肿、疼痛、分泌物多且脓性，可能伴有眼睑粘连；病毒结膜炎的症状包括眼部发红、痒、刺痛感，分泌物较少且清水样。

3. 传播途径：细菌结膜炎可以通过直接接触感染者的眼部分泌物或者间接接触被感染物体传播；病毒结膜炎一般通过空气飞沫传播，也可以通过接触被感染的物体传播。

4. 治疗方法：细菌结膜炎一般使用抗生素眼药水或者软膏进行治疗，以杀灭细菌；病毒结膜炎目前没有特效的抗病毒药物可用，一般通过对症治疗，如使用人工泪液缓解症状。

需要注意的是，细菌结膜炎和病毒结膜炎的症状和传播方式有一定的重叠，所以在诊断和治疗时需要经过医生的专业判断和指导。另外，保持良好的个人卫生习惯，如勤洗手、避免眼部接触被污染物体等，也是预防结膜炎的重要措施。