肝素和肝素钠的主要区别在于肝素是一种天然产物，而肝素钠是肝素的盐酸盐形式。

1. 来源：肝素是一种由动物组织提取的多糖类物质，主要存在于哺乳动物的肝脏和肺组织中；而肝素钠是将肝素与盐酸反应后形成的盐酸盐形式。

2. 结构：肝素是由多种多糖链组成的复杂多糖类物质，其中含有硫酸基团；而肝素钠则是肝素与盐酸反应后，形成了肝素的盐酸盐形式。

3. 应用：肝素主要用于抗凝治疗，可以预防和治疗血栓病，如静脉血栓栓塞性疾病、肺动脉栓塞等；肝素钠是肝素的盐酸盐形式，可以通过静脉注射给药，用于预防和治疗血栓病，也可用于血液透析和心脏手术等情况。

4. 特点：肝素在体内作用时间较长，半衰期较长；肝素钠则具有更短的作用时间，半衰期较短。

5. 储存：肝素需在低温下保存，避免暴露在光照下；肝素钠则相对稳定，可在常温下存放。

需要注意的是，使用肝素和肝素钠时，应遵循医生的指导和剂量，注意监测凝血指标，以避免出现出血或血栓等副作用。此外，对于存在肝素过敏史、出血倾向、严重血小板减少等情况的患者，应慎用肝素及其盐酸盐形式。