细菌和病毒发烧的主要区别在于病原体的类型和治疗方法。

1. 类型：细菌是一类单细胞生物，而病毒是一种非细胞性的微生物。细菌具有自主繁殖的能力，可以在适宜的环境下生长和繁殖，而病毒需要寄生在宿主细胞内才能进行繁殖。

2. 病因：细菌感染通常是由于细菌进入人体后产生毒素或破坏组织导致的，而病毒感染则是病毒侵入宿主细胞并利用其机制进行复制导致的。

3. 症状：细菌感染的发烧通常伴随着其他症状，如咳嗽、喉咙痛等。病毒感染的发烧则通常伴随着流感样症状，如鼻塞、咳嗽、头痛等。

4. 治疗方法：由于细菌和病毒的不同特性，治疗方法也有所区别。细菌感染通常可以通过抗生素治疗，而病毒感染则需要通过抗病毒药物来缓解症状。

5. 预防措施：由于病原体的不同，预防细菌感染主要依靠卫生习惯，如勤洗手、保持清洁等；而预防病毒感染则更注重免疫力的提升，如接种疫苗、避免接触病毒等。

需要注意的是，细菌和病毒都可以引起发烧，但发烧并不一定是感染的唯一症状，其他症状和体征的综合判断是确定病原体类型的重要依据。另外，自行用药是不推荐的，应该在医生指导下进行治疗。