扩增阴性和阴性的主要区别是扩增阴性表示样品中不存在目标基因序列，而阴性表示扩增反应中存在目标基因序列，但未被扩增出来。

1. 扩增阴性：扩增阴性是指在PCR反应中，样品中不存在目标基因序列。这可能是由于样品中根本没有目标基因的存在，或者存在的目标基因浓度太低以至于无法被扩增出来。扩增阴性结果是PCR反应的一个重要控制，用于排除假阳性结果的可能性。

2. 阴性：阴性表示在PCR反应中存在目标基因序列，但未被扩增出来。这可能是由于扩增反应条件不适合，如温度不准确、引物浓度不足等。阴性结果并不一定意味着样品中不存在目标基因，而可能是由于技术操作上的问题导致的。

需要注意的是，在进行PCR实验时，扩增阴性和阴性的结果都需要进行分析和解释。扩增阴性结果意味着样品中不存在目标基因，结果可靠；而阴性结果需要排除实验操作上的问题，确认实验条件是否正确，再做进一步的判断。此外，为了保证实验结果的准确性，扩增阴性和阴性的控制样品应该与待测样品一同进行扩增，以避免扩增条件的差异对结果的影响。