流行性脑脊髓膜炎与乙型脑炎的主要区别在于病原体不同，前者由病毒引起，后者由乙型脑炎病毒引起。

1. 病原体：流行性脑脊髓膜炎是由肠道病毒引起的感染，主要是属于肠道病毒组别中的柯萨奇病毒（coxsackievirus）和埃可病毒（echovirus）。而乙型脑炎是由乙型脑炎病毒引起的感染。

2. 传播途径：流行性脑脊髓膜炎主要通过经口途径传播，也可以通过飞沫传播；而乙型脑炎主要通过蚊子叮咬传播，也可以通过血液传播。

3. 发病季节：流行性脑脊髓膜炎主要发生在夏秋季，尤其是8-10月份；而乙型脑炎主要发生在夏季，尤其是6-8月份。

4. 症状表现：流行性脑脊髓膜炎的症状主要包括头痛、发热、呕吐、颈部僵硬等，严重时可导致脑脊髓膜炎症状；乙型脑炎的症状主要包括高热、头痛、呕吐、意识障碍等，严重时可导致脑炎症状。

5. 预防措施：流行性脑脊髓膜炎的预防主要包括保持个人卫生、避免接触病毒源；乙型脑炎的预防主要包括接种乙型脑炎疫苗、防蚊措施等。

需要注意的是，流行性脑脊髓膜炎和乙型脑炎都属于严重的神经系统感染疾病，早期诊断和治疗对于病情的控制和预后至关重要。如出现相关症状，应及时就医并遵循医生的治疗建议。