三个月不来月经对身体有以下影响：内分泌失调、生殖系统问题、潜在疾病风险增加。

1. 内分泌失调：三个月不来月经可能是由于内分泌系统的紊乱引起的。内分泌系统的正常工作对于女性月经的正常进行至关重要。如果内分泌失调，身体无法产生足够的雌激素和孕激素，会导致月经周期的改变。这可能会导致不规律的月经、周期延长或完全停止月经。

2. 生殖系统问题：持续三个月不来月经可能是由于生殖系统问题引起的。生殖系统问题可能包括多囊卵巢综合症（PCOS）、子宫内膜异位症、子宫肌瘤等。这些问题可能导致月经不规律或停止，同时还可能伴随其他症状，如腹痛、异常阴道出血等。

3. 潜在疾病风险增加：三个月不来月经也可能是潜在疾病的信号。某些疾病，如甲状腺问题、多囊卵巢综合症和卵巢功能衰退等，可能导致月经周期的改变。此外，长期不来月经还可能增加患乳腺癌、子宫内膜癌等妇科疾病的风险。

需要注意的是，三个月不来月经并不一定意味着一定存在问题。有时候，这可能是正常的生理变化，如怀孕或更年期的开始。但是如果持续三个月不来月经，建议及时咨询医生以明确原因，并进行必要的检查和治疗。