新冠的咽痛和咽炎的主要区别是病因不同，前者是由新冠病毒感染引起的，后者则是由其他病原体感染导致的。

1. 病因：新冠的咽痛是由SARS-CoV-2病毒感染引起的，而咽炎可以由细菌、病毒、真菌或其他外界刺激引发。

2. 症状：新冠的咽痛通常是持续性的，伴随其他呼吸道症状如咳嗽、呼吸困难等；而咽炎的症状可能会有咳嗽、咳痰、发热、喉咙痛等。

3. 传播方式：新冠病毒主要通过飞沫传播，也可以通过接触染病物体传播；而咽炎病原体的传播方式更多样，可以通过空气飞沫、直接接触、食物或水传播等。

4. 治疗方法：新冠的咽痛需要进行新冠病毒的检测和治疗，一般采用抗病毒药物和对症治疗；而咽炎的治疗主要是针对病原体进行治疗，如抗生素、抗病毒药物等。

5. 并发症：新冠病毒感染可能导致严重的呼吸系统并发症，如肺炎；而咽炎的并发症可能包括扁桃体炎、中耳炎等。

需要注意的是，新冠的咽痛虽然也是咽部的症状，但并非所有咽痛都是由新冠病毒引起的，因此在出现咽痛时应注意是否有其他新冠病毒感染的症状，并及时就医和进行相关的检测。同时，咽炎的治疗也需要根据具体的病原体进行选择合适的药物治疗，避免滥用抗生素。