灭活疫苗和腺病毒疫苗的主要区别在于其制备方法和免疫机制。

1. 制备方法：

灭活疫苗是通过将病原体在实验室条件下进行杀灭或失活后制备而成，如用化学物质或热处理使病原体失去感染能力。

腺病毒疫苗则是通过将病原体的基因组插入无害的腺病毒载体中，再将其注入宿主细胞来制备，使宿主细胞产生病原体的抗原。

2. 免疫机制：

灭活疫苗在注射后，病原体抗原不能复制或感染宿主细胞，只能激发机体产生抗原特异性的体液免疫反应，即刺激机体产生抗体来抵御病原体。

腺病毒疫苗在注射后，腺病毒载体可以感染宿主细胞并复制，进而使宿主细胞产生病原体抗原，激发机体产生细胞免疫和体液免疫反应，既能刺激机体产生抗体，又能激活细胞免疫应答。

需要注意的是，灭活疫苗制备过程中的杀灭或失活步骤可能会导致病原体抗原活性的降低，需要进行相关的质量控制和疫苗强化剂的添加。而腺病毒疫苗制备过程中需要确保腺病毒载体的安全性和稳定性，以避免腺病毒载体在宿主细胞内的复制和扩散。此外，不同疫苗的适用对象、免疫程序和免疫效果也可能存在差异，具体应根据疾病特点和免疫需求进行选择和使用。