16岁脸上有痘印一般是由青春期荷尔蒙失调、细菌感染等原因引起的，可采用药物治疗、化妆品护肤和生活习惯调整等方式进行治疗，详情如下：

1. 药物治疗：适用于痘印严重、炎症明显的情况。可以使用外用药物如含有水杨酸、苯酚酸等成分的药膏，帮助消炎和淡化痘印。内服药物如维生素A酸类药物，可以调节皮肤的代谢和修复，加速痘印的消退。使用药物治疗时应遵循医生的指导，注意药物的正确使用方法和副作用。

2. 化妆品护肤：适用于痘印轻微、不太明显的情况。可以选择含有祛痘成分（如水杨酸、果酸）的洁面产品、爽肤水和面霜，帮助清洁毛孔、控制油脂分泌和淡化痘印。同时，可以选择含有遮瑕效果的粉底或遮瑕膏，局部遮盖痘印，使肌肤看起来更为均匀。使用化妆品护肤时应选择适合自己肤质的产品，并注意保持皮肤清洁和补水。

3. 生活习惯调整：适用于痘印与生活习惯有关的情况。保持良好的饮食习惯，避免暴饮暴食和摄入过多的油脂食物；注意个人卫生，勤洗脸、勤换洗枕套等；避免频繁触摸面部，尽量避免挤压痘痘等。调整生活习惯可以帮助减少痘印的产生和加速恢复。

除以上相对常见的治疗方式外，还有其他的治疗方式，比如美容院的光子嫩肤、激光去痘印等，适用于痘印较为严重、无法通过其他方式消退的情况。这些治疗方式需要在专业医生的指导下进行，并且可能需要多次治疗才能达到理想效果。