肛门感染HPV病毒一般是由性接触等原因引起的，可采用局部药物治疗、手术治疗和免疫疗法等方式进行治疗，详情如下：

1. 局部药物治疗：适用于轻度和早期病变，常使用外用药物如酸类药物、冷冻疗法等。酸类药物可通过局部涂抹或擦拭的方式，使病变组织坏死脱落，促进健康组织的再生。冷冻疗法则通过低温冷冻病变组织，使其坏死脱落。局部药物治疗相对简便、安全，但对于病情较重或复发的患者效果有限。

2. 手术治疗：适用于病情进展较快或严重的情况，常采用电刀切除、激光切除或射频消融等手术方式。电刀切除通过高频电流切除病变组织，激光切除则利用激光束破坏病变组织。射频消融则利用高频电流产生的热能破坏病变组织。手术治疗能够彻底清除病变组织，但可能会导致一定的创伤和并发症。

3. 免疫疗法：适用于病变较广泛或复发的情况，常使用免疫调节剂如干扰素等。干扰素能够增强机体免疫力，抑制病毒复制和病变发展。免疫疗法一般需要长期使用，治疗周期较长，但对于一些难以手术治疗或复发的患者具有一定的疗效。

除以上相对常见的治疗方式外，还有其他的治疗方式，比如光动力疗法（PDT），适用于病变表浅、面积较大和多发的情况。PDT利用特定波长的光照射患处，结合光敏剂产生的活性氧，破坏病变组织。但是光动力疗法的使用范围有限，且可能引起一定的副作用。