月经第三天痛经一般是由生理性原因引起的，可采用药物缓解、热敷和调整饮食等方式进行治疗，详情如下：

1. 药物缓解：在月经第三天痛经时，可以使用非处方的止痛药物，如布洛芬、阿司匹林等。这些药物可以缓解痛经引起的不适感，但需要注意遵循药品说明书上的剂量和用药时间。

2. 热敷：在痛经时，可以使用热水袋或热敷毛巾等方式进行热敷。热敷可以促进血液循环，舒缓子宫收缩，从而缓解痛经的症状。但需要注意温度适宜，避免烫伤皮肤。

3. 调整饮食：一些饮食习惯也可能影响月经痛经的程度。适当增加富含维生素B和镁的食物，如香蕉、燕麦、菠菜等，可以帮助缓解痛经。同时，减少摄入咖啡因、糖分和盐分等刺激物质的食物，也有助于减轻症状。

除以上相对常见的治疗方式外，还有其他的治疗方式，比如中药煎剂、针灸和按摩等。中药煎剂可以根据个体情况进行配方，调理身体的阴阳平衡，缓解痛经。针灸和按摩可以刺激身体的经络和穴位，促进气血的流通，有助于缓解月经痛经。但使用这些辅助治疗方式时，需要在专业医生的指导下进行。