三个月宝宝耳朵里有耳屎一般可采用以下方式进行治疗，详情如下：

1. 温水清洗：当宝宝耳朵里有耳屎时，可以用温水轻柔地清洗耳朵。首先，准备一碗温水（注意水温不要过热），然后用棉球蘸取温水轻轻擦拭宝宝耳朵外部，尽量避免将棉球插入耳道深处。这种方法适用于耳屎较少、较浅的情况，能够有效清除外部耳道的耳屎。

2. 油滴法：对于较为顽固的耳屎，可以尝试油滴法。将一些温水和植物油混合（如橄榄油或甘油），用滴管滴入宝宝耳朵中，然后让宝宝侧卧10分钟，使混合物渗透进耳朵中软化耳屎。之后，用棉花球擦拭耳朵外部，将软化的耳屎慢慢清除。这种方法适用于耳屎较多、较深的情况。

3. 就医就诊：如果以上方法无法有效清除宝宝耳朵里的耳屎，或者出现其他耳部症状，如疼痛、发炎等，建议及时就医就诊。医生可以通过专业设备和技术，进行更深入的耳道清理，并评估宝宝耳朵的健康状况，以确定是否存在其他问题。

除以上相对常见的治疗方式外，还有其他的治疗方式，比如专业耳道冲洗。这种方法适用于耳屎较为顽固、难以清除的情况，由专业医生使用特殊设备进行耳道冲洗，以清除深处的耳屎。但是这种方法需要在医生指导下进行，不适合家庭自行操作。