做深蹲后膝盖疼一般是由肌肉疲劳、滑膜炎等原因引起的，可采用休息、热敷和物理治疗等方式进行治疗，详情如下：

1. 休息：当膝盖疼痛时，休息是最基本的治疗方法之一。适当休息可以减轻膝盖关节的负担，帮助肌肉恢复，减少疼痛。休息时间视个体情况而定，一般建议至少休息一两天。

2. 热敷：热敷可以促进血液循环，缓解膝盖疼痛。使用热敷袋或热水袋在膝盖疼痛处轻轻敷热，每次约15-20分钟，每天可进行多次。热敷前注意避免温度过高，以免烫伤皮肤。

3. 物理治疗：物理治疗包括按摩、理疗和康复训练等方法。按摩可以缓解膝盖周围的肌肉疼痛和紧张，促进血液循环。理疗可以通过热疗、电疗等手段减轻炎症和疼痛，促进康复。康复训练可以通过有针对性的运动练习来增强膝盖周围肌肉的力量和稳定性，提高关节的运动范围和功能。

除以上相对常见的治疗方式外，还有其他的治疗方式，比如药物治疗。如果疼痛较为严重，可以采用非处方的镇痛药物，如布洛芬等缓解疼痛。但应注意遵循药物使用指导，避免滥用或长期使用。同时，如果疼痛持续较长时间或症状加重，建议及时就医寻求专业医生的诊断和治疗意见。