小孩打完疫苗发烧39度一般是由免疫反应等原因引起的，可采用物理降温、药物降温和观察等方式进行治疗，详情如下：

1. 物理降温：当小孩发烧39度时，可以采用物理降温的方式来缓解症状。例如，使用温水擦浴或冷敷的方法，可以帮助降低体温。这种治疗方式适用于小孩体温较高但精神状态较好的情况。

2. 药物降温：在小孩发烧39度且出现不适症状时，可以考虑使用药物来降温。常用的药物包括布洛芬和对乙酰氨基酚等退烧药。在使用药物时，应按照医生的建议和剂量来使用，并注意不要超量使用或长期使用。这种治疗方式适用于小孩体温较高且伴有不适症状的情况。

3. 观察：当小孩发烧39度时，如果精神状态良好，没有其他明显不适症状，并且体温在可接受范围内波动，可以选择观察的方式。观察期间需要保持室内环境舒适，适当增加水分摄入，观察体温变化和其他不适症状的出现。这种治疗方式适用于小孩体温较高但整体状况良好的情况。

除以上相对常见的治疗方式外，还有其他的治疗方式，比如医院住院观察等，适用于小孩发烧39度且情况较为严重或出现其他并发症的情况。在这种情况下，应尽快就医并按照医生的建议进行治疗。