《意见》强调，各级自然资源主管部门与人民法院、人民检察院、公安机关建立联动协商机制、信息共享机制、联合督导机制、联合培训机制四项工作机制，根据专业优势互通信息和提供技术支持；对未批先用、违法占用永久基本农田、以各种工程治理为名非法采矿、严重破坏生态环境或损害群众利益等重大典型问题和失职渎职等涉嫌职务犯罪行为采取联合督导；开展联合培训等，确保联动协作日常工作常态化、规范化进行。

在加强自然资源主管部门与人民法院联动协作中，明确了非诉行政案件的执行实施主体。《意见》指出，人民法院裁定准予执行的案件，原则上交由违法行为发生地的县级人民政府组织实施；重大复杂以及社会影响大、群众关注高的违法案件，应当裁定交由违法行为发生地的设区的市级以上人民政府组织实施。

在加强自然资源主管部门与人民检察院联动协作中，《意见》指出，对于公安机关可能存在应当立案而不立案情形或者逾期未作出是否立案决定的，人民检察院应当依法开展立案监督。同时，检察监督的力度进一步加大，明确了自然资源主管部门在履职过程中发现存在人民法院已经发生法律效力的判决、裁定确有错误的，或者调解书损害国家利益、社会公共利益的等五大类违法违规行为或情形的，应当向人民检察院移送相关监督线索。