真菌性结膜炎和细菌性结膜炎的主要区别是病因不同，前者由真菌感染引起，后者由细菌感染引起。

1. 病因：

真菌性结膜炎：由真菌感染引起，常见的真菌包括白色念珠菌、曲霉菌等。

细菌性结膜炎：由细菌感染引起，主要由葡萄球菌、链球菌等引起。

2. 症状：

真菌性结膜炎：常伴有眼部瘙痒、异物感、疼痛、红肿、分泌物增多等症状，且症状较为持续。

细菌性结膜炎：常伴有眼部灼热感、异物感、红肿、分泌物黏稠等症状，且症状较为突然。

3. 感染途径：

真菌性结膜炎：多为接触感染，如使用被感染的眼部用品、接触污染的水源等。

细菌性结膜炎：可以通过接触感染，也可由其他感染部位的细菌经血液或淋巴传播至眼部。

4. 治疗方法：

真菌性结膜炎：一般需经过真菌培养和药敏试验确定病原菌种类后，采用抗真菌药物进行治疗，如抗真菌眼药水或眼膏。

细菌性结膜炎：一般采用抗生素眼药水或眼膏进行治疗，常根据细菌培养和药敏试验结果选择合适的抗生素。

需要注意的是，真菌性结膜炎和细菌性结膜炎的症状和治疗方法可能存在一定的重叠，因此确诊时需要进行相应的实验室检测，如眼部分泌物培养和药敏试验，以确定病原菌的类型和药物敏感性，从而选择合适的治疗方案。此外，在日常生活中，保持良好的个人卫生习惯，避免接触污染源，也是预防这两种结膜炎的重要措施。